бывший Бутырский
Инициатором строительства Савёловской линии был Савва Иванович Мамонтов, председатель Правления Общества Московско-Ярославской железной дороги. В 1897 году общество получило разрешение императора и приступило к изысканиям, а затем и к прокладке новой железной дороги от Москвы до села Савёлово, длиной 130 км. В дальнейшем дорогу планировалось продлить до Калязина, Углича и Рыбинска.
Сам вокзал из-за различных проволочек строили долго (1897—1902 гг.). Руководил работами и, предположительно, был автором проекта А. С. Сумароков. 10 марта 1902 работы завершились и состоялось торжественное открытие и освящение Савеловского вокзала. Изначально вокзал назывался Бутырским (от Бутырской заставы).
Здание Савеловского вокзала было одноэтажным, двухэтажным лишь в центре, где размещались служебные квартиры. В отдалении располагались казармы и грузовой двор.
К 1980-м Савеловский вокзал сильно обветшал и перестал справляться с возросшим пассажиропотоком. В 1987 года под руководством Я.В. Шамрая было начато его расширение, оконченное 1 сентября 1992 года. Движение поездов во время работ не прекращалось. В результате вокзал стал двухэтажным, увеличил внутреннюю площадь в 2,5 раза, но не потерял стилевых особенностей. В 1988 году к вокзалу была протянута линия метрополитена (станция метро Савёловская).
В начале 2000-х в связи с низким пассажиропотоком предполагалось закрыть Савеловский и Рижский вокзалы, однако это не было сделано. Тем не менее, последние поезда дальнего следования (два до Рыбинска, по одному до Углича и Санкт-Петербурга по ветке через Сонково) с Савёловского вокзала были переведены на Белорусский, и теперь он обслуживает только пригородные электропоезда. С этого же времени касса поездов дальнего следования перестала работать круглосуточно (а периодически не работает вообще), и вокзал стал «дневным», в отличие от почти всех остальных железнодорожных вокзалов Москвы.
Аэроэкспресс
В 2005 году началась реконструкция и переоборудование вокзала и платформ. Часть территории вокзала была превращена в терминал компании «Аэроэкспресс», занимающейся доставкой пассажиров в аэропорт Шереметьево. С 2005 по 2008 год действовала смешанная схема: экспрессы ходили только по маршруту Москва-Савёловская — Лобня, а дальнейшая доставка пассажиров в аэропорт происходила специально организованным маршрутом автобуса. В ходе реконструкции Савеловского вокзала была построена новая пассажирская платформа, реконструированы три уже существующих и установлена новая информационная система.Работы были завершены летом 2008 года, к пуску прямых экспрессов в аэропорт Шереметьево. В 2008 году была повторно заменена информационная система. Движение аэроэкспресса полностью было открыто 10 июня 2008 года.